Çingiz Mustafayev 1960-cı il avqustun 29-da Həştərxan vilayətinin Vladimir rayonunda hərbçi ailəsində anadan olub. 1964-cü ildə ailəsi ilə Bakı şəhərinə köçmüşdür. 1977-ci ildə Yasamal rayonunda 167 saylı məktəbi bitirmişdir. 1977-ci ildə Azərbaycan Tibb İnstitutuna daxil olan Çingiz Mustafayev 1983-cü ildə institutu müvəffəqiyyətlə bitirir. Təhsilini başa vuran gənc Çingiz təyinatla Dəvəçi rayonunda üç il həkim işləyir.

1985-ci ildə yaratdığı "Cəngi" birliyindəki fəaliyyəti ilə Azərbaycan gənclərinin lideri səviyyəsinə yüksəlib. Bu Sovet İttifaqında başlanan yeniləşmə prosesinin Azərbaycanda təşəkkül tapan ilk yetkin təzahürü idi. Azərbaycanın mədəni-ictimai həyatında oynmağa başladığı rol Çingiz Mustafayevi islahtçı-novator lider simasında təqdim etməkdə idi.

Çingiz həkim olsa da jurnalistikaya böyük həvəsi vardı.1990-cı il 20 Yanvar hadisələri zamanı bu fikir özünü bir daha göstərdi.

Sovet ordusunun Bakıda törətdiyi vəhşilikləri Çingiz lentə almışdır. 1991-ci ildən isə həyatını jurnalistikaya tam bağladı.

Ermənistanın Azərbaycana qarşı Qarabağ təcavüzü başlayandan sonra Çingiz jurnalistikaya üz tutdu. O 1991-ci ildən Azərbaycan Dövlət Televiziyasında reportyor kimi çalışmağa başladı. Ancaq yalnız Azərbaycan miqyasında fəaliyyət göstərməklə kifayətlənmədi. Onun reportajları informasiya blokadasında olan Azərbaycan haqqında gerçəkliklərin Amerika və Avropanın aparıcı teleagentlikləri və televiziyalarına yol tapdı. Dövlət televiziyasında mövcud olan senzura və ciddi yasaqlar Çingiz Mustafayevi geniş fəaliyyət imkanlarından məhrum edirdi. Ona gərə də Çingiz əlahiddə olaraq 215 kl studiyası kimi muxtar qurumun yaradılmasının təşəbbüskarı və yaradıcısı oldu. Onun reportajları bir qayda olaraq cəbhədən olduğuna görə 215 kl studiyasını da tamaşaçılar məhz müharibədən məlumat verən telequrum kimi qəbul edirdilər.

Çingiz Mustafayev Azərbaycan-ermənistan müharibəsinin 1992-ci ilə qədər olan dövrünün əsl salnaməsini yaratdı. Ölkənin döyüş gedən bütün bölgələrindən operativ xəbərlər, ayrı-ayrı əskərlər haqda xüsusi reportajlar və bütün bunlarla yanaşı Azərbaycanda gedən siyasi proseslər barədə ətraflı informasiyalar onun müəllifliyi ilə pərvəriş tapırdı. Çingiz Mustafayev Azərbaycan tamaşaçısına hər bir reportajı ilə tanış olsa da, dünya onu daha çox Xocalıda çəkdiyi filmlə tanıdı. Çingiz Mustafayevin məhz bu filmi ilə Ermənistanın imici bütün dünyada ciddi sarsıntıya məruz qaldı. O döyüş zonalarına yalnız reportyor kimi yollanmırdı. O cəbhədə bir əsgər, zabit və hətta komandan kimi çox vəzifəni öz üzərinə götürürdü. Laçından çıxan əsgərlərlə onun geri qayıtmaq bərədə verdiyi kəskin və qısa göstərişlər, bu əmrlərin yerinə yetirilmədiyi təqdirdə Çingizin emosional davranışı ən yeni teletarixin ən dramatik səhifələridir.

Çingiz Mustafayev bir telejurnalist olaraq cəbhədə yarandığı kimi cəbhədədə həlak oldu. 1992-ci ilin iyun ayının 15-də Xocalı rayonunun Naxçıvanlı kəndində çəkiliş zamanı aldığı mərmi qəlpəsindən həlak olan Çingiz sonadək kameranı söndürmədi.

Azərbaycan Respublikası prezidentinin 6 noyabr 1992-ci il tarixli 294 saylı fərmanı ilə Mustafayev Çingiz Fuad oğlu ölümündən sonra "Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı" adına layiq görülmüşdür.

Bakı şəhərinin Şəhidlər xiyabanında dəfn edilib.